در سال 1312 در یک خانواده پیشه ور ساده در شهر کرمان به دنیا آمد و خواندن و نوشتن و قرائت قرآن را در مکتب آموخت و سپس به تحصیل علوم دینى در مدرسه معصومیه آن شهر پرداخت.
همزمان ، تحصیلات ابتدایى و متوسطه را نیز ادامه داد و پس از اخذ دیپلم در سال 1332 به قم رفت و سطوح عالى علوم اسلامى را در حوزه علمیه قم طى کرد. وى فقه را در محضر مرحوم آیت الله بروجردى ، فقه و اصول را در محضر امام خمینى ((ره )) و تفسیر و فلسفه را نزد علامه طباطبایى فراگرفت .
شهید باهنر سپس به تحصیلات دانشگاهى رو آورد و حدود سال 1337 موفق به اخذ لیسانس در رشته الهیات و بعد از آن موفق به اخذ فوق لیسانس در رشته علوم تربیتى و سپس دکتراى الهیات از دانشگاه تهران شد.
شهید باهنر ضمن تدریس و ایراد خطابه و برنامه ریزى دینى ، به تالیف کتب درسى اشتغال ورزید و حدود سى کتاب و جزوه تعلیمات دینى را براى تدریس (از دوره ابتدایى تا دانشسرا) تالیف کرد؛ وى همزمان ، فعالیتهاى اجتماعى خود را نیز ادامه داد و در تاسیس ((دفتر نشر و فرهنگ اسلامى )) کانون توحید و ((مدرسه رفاه )) نقش موثرى داشت .
شهید باهنر در سال 1341، همکارى خود را با نهضت اسلامى و سیاسى روحانیت به رهبرى امام خمینى ((ره )) آغاز کرد و در اسفند ماه 1342 پس از ایراد سخنرانى هایى در مساجد، ((هدایت ))، ((الجواد)) و ((حسینیه ارشاد))، به مناسبت سالگرد حادثه ((فیضیه ))، دستگیر شد و پس از آن متناوبا شش بار به زندانهاى کوتاه مدت محکوم شد و از سال 1350 ممنوع المنبر گردید و بالاجبار در جلساتى که به عنوان کلاس درس برپا مى شد، سخنرانى و به بیان نقطه نظرات اسلامى ، انقلابى خود مى پرداخت .
وى در سال 1357 به فرمان امام ((ره )) و به همراه چندتن از یاران ، مامور تنظیم اعتصابات شد و در همان سال نیز با فرمان امام ((ره )) به عضویت شوراى انقلاب اسلامى در آمد.
دیگر مسئولیتهاى شهید باهنر پس از پیروزى انقلاب اسلامى عبارتند از:
مسئولیت نهضت سواد آموزى ، نماینده مردم کرمان در مجلس خبرگان ، نماینده شوراى انقلاب اسلامى در وزارت آموزش و پرورش ، نماینده مردم تهران در مجلس شوراى اسلامى .
شهید باهنر که به سرنوشت آموزش کشور و آینده نونهالان انقلاب بى اندازه توجه داشت و مدام در فکر بهبود و پیشرفت آن بود، سرانجام در کابینه محمد على رجائى به سمت وزیر آموزش و پرورش منصوب شد. پس از فاجعه شوم بمب گذارى در دفتر حزب جمهورى اسلامى و شهادت دکتر بهشتى ، شهید باهنر به عنوان دبیر کل حزب جمهورى اسلامى انتخاب شد و به دنبال انتخاب شهید رجائى به سمت ریاست جمهورى ، به عنوان نخست وزیر جمهورى اسلامى به مجلس معرفى شد که با راى قاطع مجلس به تشکیل کابینه خود پرداخت .
این شهید فرزانه و سراسر اخلاق و اخلاص و تواضع ، که خود را وقف خدمت به مردم ستمدیده کرده بود، سرانجام پس از سالها مبارزه تلاش ، به همراه یار و یاور دیرینه اش ((محمد على رجائى )) رئیس جمهور اسلامى ایران ، در هشتم شهریور 1360 در انفجار ساختمان نخست وزیرى که به دست منافقین کوردل صورت گرفت به مقام منیع شهادت دست یافت.