در 1287 قمری در سرابه اردستان به دنیا آمد. پدرش سیداسماعیل از سادات طباطبایی بود. در شش سالگی به همراه پدرش به قمشه رفت و نزد پدربزرگش میرعبدالباقی درس خواند و پس از درگذشت میرعبدالباقی در شانزده سالگی برای ادامه تحصیلات به اصفهان رفت.
بعد از گذراندن مقدمات، به فراگیری دروس سطح پرداخت و در ضمن معقول را نزد میرزا جهانگیر خان قشقایی آموخت. دروس خارج فقه و اصول را نیز نزد استادانی چون شیخ مرتضی ریزی و آقا سید‌محمد باقر دُرچه‌ای خواند و سپس برای تکمیل تحصیلات خود در 1311 ق عازم نجف اشرف گردید و در مدرسه صدر ساکن شد. سید حسن مدرس در طول دوران تحصیل در نجف روزهای پنجشنبه و جمعه کارگری می‌کرد و از آن راه امرار معاش می‌نمود. وی به مدت هفت سال از محضر درس آخوند خراسانی و سید‌محمد کاظم طباطبایی یزدی استفاده کرد و به درجه اجتهاد نایل شد و در 1324 ق، در سی و هفت سالگی از راه اهواز و بختیاری، به اصفهان وارد شد و در آن شهر در منزلی محقر سکونت گزید.
او در جریان جنبش مشروطیت به حمایت از آن برخاست و در دوران استبداد صغیر با کمک حاج آقا نورالله اصفهانی، انجمنی مخفی بر ضد مستبدان تشکیل داد و با مشروطه‌خواهان بختیاری مخفیانه در تماس بود و همکاری داشت.
همزمان با تشکیل دوره دوم مجلس شورای ملی، مدرس از سوی آخوند خراسانی و شیخ عبدالله مازندرانی ـ‌مطابق اصل دوم متمم قانون اساسی ـ به عنوان یکی از مجتهدان طراز اول به مجلس شورای ملی معرفی گردید و از سوی مجلس نیز پذیرفته شد و به ناچار اصفهان را به قصد تهران ترک گرفت.
در محرم 1334 ق بیست و هفت نفر از نمایندگان مجلس و گروهی از رجال سیاسی و مردم عادی به منظور مقابله با تجاوزات روس و انگلیس به ایران، به طرف قم حرکت کردند و در آن شهر «کمیته دفاع ملی» را تشکیل دادند که در مصاف با روسها ناگزیر به عقب نشینى شده ، بسوى غرب کشور رفتند و در این نواحى دولت موقتى تشکیل دادند و یک هیأت چهار نفری را برای اداره امور برگزیدند که مدرس عهده دار وزارت عدلیه و اوقاف بود.
در شعبان 1336 ق و با پایان یافتن جنگ جهانی اول، مدرس به همراه دیگر مهاجران به تهران بازگشت.
پس از کودتای سوم اسفند 1299 که توسط رضاخان و سید‌ضیاءالدین طباطبایی صورت گرفت، بسیاری از آزادیخواهان دستگیر شدند که از جمله‌ی آنان مدرس بود که به قزوین تبعید و در آنجا زندانی گردید. وی بیش از سه ماه در حبس بود و پس از عزل سید ضیاء آزاد شد.
مدرس در انتخابات دوره چهارم مجلس شورای ملی که در 1339 ق برگزار گردید، به نمایندگی مردم تهران انتخاب شد و در رأی گیری میان نمایندگان به نایب رییسی مجلس نیز رسید.
مدرس در انتخابات دوره پنجم مجلس شورای ملی که در اواخر 1302 برگزار شد، علیرغم اِعمال نفوذ نظامیان ومأموران شهربانی، به نمایندگی مردم تهران انتخاب گردید و از طرفی رضاخان به فرمان احمد‌شاه به نخست‌وزیری منصوب شد.
طرفداران رضاخان در داخل و خارج برای برچیدن رژیم قاجار و روی کار آمدن رضاخان، زمزمه ایجاد جمهوری در کشور را سردادند. مدرس که به نیت اصلی رضاخان و طرفدارانش پی برده بود با تغییر رژیم به مخالفت برخاست، اما همچنان نمایندگان هوادار رضاخان بر آن امر اصرار داشتند و به منظور خاموش ساختن و عقب نشاندن مدرس، یکی از نمایندگان به او سیلی زد. خبر سیلی خوردن مدرس به بیرون از مجلس نیز کشیده شد و بلافاصله بازار تهران به عنوان اعتراض بسته شد و گروه وسیعی از مردم و روحانیون به تظاهرات پرداختند.
در 2 فروردین 1303 تظاهرات دیگری در طرفداری از مدرس و مخالفت با جمهوری در اطراف مجلس شورای ملی برپا شد. رضاخان که مخالفت شدید مدرس بود و نگرانی و اعتراض بسیاری از علما را از ایجاد جمهوری مشاهده کرد طی اعلامیه‌ای در فروردین آن سال، انصراف خود را از ایجاد جمهوری اعلام کرد، و برای اطمینان دادن به علما به قم رفت و با علمای آنجا دیدار نمود.
در دوره ششم مجلس با وجود آنکه تحت نظر کامل رضاخان و دخالت صریح نظامیان در سراسر کشور برگزار شد بار دیگر مدرس و تعدادی دیگر از نمایندگان مستقل و مخالف رضاخان به مجلس راه یافتند. اندکی بعد به اشاره رضاخان، مدرس در 7 آبان 1305 مورد سوء قصد قرار گرفت اما به نحو معجزه‌آسایی نجات یافت. در واقع تیرهاى شلیک شده بازو و کتف مدرس را مجروح کرد.
در انتخابات دوره هفتم که بار دیگر تحت نظارت شدید مأموران نظامی برگزار
شد، اعلام گردید که مدرس حتی یک رأی نیز نیاورده است و او با اشاره به تقلب
وسیع در انتخابات به طنز گفت: "[اگر] 20 هزار نفر از مردمى که در دوره گذشته به من راى دادند همگى مرده باشند یا
راى نداده باشند پس آن یک راى را که خودم به خودم دادم چه شده است !"
مدرس که امکان ورود به مجلس را از دست داده بود، دیگر امکانی برای ابراز مخالفت نداشت و از مصونیت پارلمانی نیز برخوردار نبود. رضاخان که مترصد چنین فرصتی بود دستوردستگیری او را صادر کرد.
سرتیپ درگاهى رئیس شهربانى تهران که عداوتى خاص با مدرس داشت در پى فرصتى مى گشت تا عقرب صفت زهر خود را فرو ریزد. به همین منظور در شب دوشنبه شانزدهم مهرماه 1307 به همراه چند پاسبان مسلح به منزل مدرس رفته ، پس از مضروب و مجروح کردن اهل خانه و زیر کتک گرفتن شهید مدرس وى را سر برهنه و بدون عبا دستگیر کردند و به قلعه خواف تبعید نمودند. آن شهید والامقام دوران تبعید را على رغم اوضاع مشقت بار با روحى شاداب و قیافه اى ملکوتى سپرى کرد.(26) آن فقیه فرزانه پس از 9 سال اسارت در قلعه خواف به دنبال اجراى نقشه رضاشاه روانه کاشمر گردید و در حوالى غروب 27 رمضان 1356 ق . مطابق با دهم آذر 1316 ش . سه جنایتکار و خبیث به نامهاى جهانسوزى ، خلج و مستوفیان نزد مدرس آمده و چاى سمى را به اجبار به او دادند و چون دیدند از اثر سم خبرى نیست عمامه سید را در حین نماز از سرش برداشته ، برگردنش انداختند و آن فقیه بزرگوار را به شهادت رساندند.
سرتیپ درگاهى رئیس شهربانی وقت و چند تن دیگر از افسران و درجه‌داران در نیمه شب دوشنبه 16 مهر 1307 به منزل وی یورش برده و او را مورد ضرب و شتم شدید قرار دادند، وى را سر برهنه و بدون عبا دستگیر کردند و به قلعه خواف تبعید نمودند. وی به مدت 9 سال در آنجا تحت نظر شدید مأموران امنیتی قرار داشت و ممنوع‌الملاقات بود. در آبان‌ماه 1316، مدرس به دستور رضاخان به کاشمر انتقال یافت و در حوالى غروب 27 رمضان 1356 ق . مطابق با دهم آذر 1316 ش . سه جنایتکار و خبیث به نامهاى جهانسوزى ، خلج و مستوفیان نزد مدرس آمده و چاى سمى را به اجبار به او دادند و چون دیدند از اثر سم خبرى نیست عمامه سید را در حین نماز از سرش برداشته ، برگردنش انداختند و آن فقیه بزرگوار را به شهادت رساندند.
