از آن طرف، گاندی در سال ۱۹۱۸ وارد فعالیت سیاسی در شبه قاره شد و طرح نافرمانی مدنی یا مقاومت منفی را مطرح کرد ولی محمد علی جناح با آن مخالفت کرد. جناح و گاندی بر سر مسائل عقیدتی اختلاف نداشتند، بلکه آنها در شیوه‌ی عملی اختلاف داشتند. در سال ۱۹۳۵ میلادی رهبری سیاسی ملت مسلمان را بدست گرفت و در ازای خدمات بی‌شائبه‌ای که نمود، ملت لقب “قائد اعظم” را به او دادند.
حکومت آن زمان هند، توجه زیادی به حقوق مسلمانان نمی‌کرد، بنابراین جناح آرزوی حکومت مستقل اسلامی را داشت اما گاندی مخالف تجزیه‌ی هندوستان بود. در سال ۱۹۴۶ کشتار فجیعی بین مسلمانان و هندوها در گرفت و احزاب مختلف هم نتوانستند آرامش را برقرار کنند و نهایتا گاندی برای جلوگیری از خونریزی با طرح تقسیم هندوستان و استقلال پاکستان موافقت کرد. بنابراین در ۱۵ اوت ۱۹۴۷ پاکستان استقلال یافت.
وی در ۱۱ سپتامبر ۱۹۴۸ در سن ۷۲ سالگی درگذشت و پاکستان را در غم و اندوه فرو برد.
